自建校以来，由于污水没有被纳入城市排污管道，所产生的生活污水长期沿东山泄洪渠自然排放。1994年，由于修建东山过境高速公路和武宿立交桥，阻断了原有的泄洪渠，致使我院所产生的生活污水及东山泄洪水无法排放。1994年起，我院联合药科职业学院租借郑村土地建设污水坑，靠自然晾渗解决，但每到雨季，东山洪水进入污水坑后，曾导致溃坝，淹没村民树苗及土地，两院校由此曾支付巨大资金给予赔付，给两校正常教学造成了严重影响。
后勤处与院办、基建维修处等部门通力合作，积极与政府部门协商，力争尽早解决我院排污问题，目前已取得一定进展。